Lembaga Kemahasiswaan di lingkungan UMJ:
A. Lembaga Tingkat Universitas
- Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM)
- Dewan Perwakilan Mahasiswa (DPM)
- UKM Resimen Mahasiswa (Menwa)
- UKM Mapala Stacia
- UKM Renaissance
- UKM Mapala Mapena
- UKM Olahraga
- UDK At Tanwir
- Qur’an Learning Community (QLC)
- Foreign Language Community (FLC)
- Dissable Care Community (DCC)
- Paduan Suara Mahasiswa (PSM)
- Korps Protokoler mahasiswa (KPM)
B. Lembaga Tingkat Fakultas
- Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) Fakultas
- Dewan Perwakilan Mahasiswa (DPM) Fakultas
C. Lembaga Tingkat Prodi
- Himpunan Mahasiswa Prodi
D. Organisasi Otonom Muhammadiyah
- Koordinator Komisariat IMM
- Tapak Suci Putera Muhammadiyah Kampus A
- Tapak Suci Putera Muhammadiyah Kampus B
- Kafilah Hizbul Wathan
- Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah Komisariat Fakultas